1.开发方面
原生APP：每一种移动操作系统都需要独立的开发项目，iphone版本、Ipad版本、安卓版本。每种平台都需要独立的开发语言。Java(Android), Objective-C(iOS)等等3.需要使用各自的软件开发包，开发工具以及各自的控件。开发成本高、开发速度慢、维护成本高。三个平台（IOS、安卓、windows）的规则、推广、运营都不相同。官方应用商店对APP上线审核流程比较复杂而且很慢，会严重影响APP的发布上线。
Web App ：因为运行在移动设备的浏览器上，所以只需要一个开发项目。可以通过HTML、 CSS或者JavaScript来进行Web APP的开发。开发成本低、开发速度快。
2.功能方面
原生App：原生APP是一个系统性的应用程序，可以类比于电脑上的软件。原生app可以调用移动终端的硬件设备， 比如：麦克风、摄像头、短信、GPS、蓝牙、重力感应等。实现功能丰富
Web App：Web APP可以类比于电脑上的网页。Web APP更多是页面展示类的APP。只能使用有限的移动硬件设备功能。更多用于页面展示，侧重于简单的交互，无法使用很多硬件设备独特的功能。
3.应用安装使用方面
原生App：需要通过应用商店将原生app下载到手机上或移动终端上。以独立的应用程序运行
用户必须手动去下载并安装这些原生App，原生应用可以节约宽带成本，可以访问本地资源、缓存。
Web App：通过移动设备上的浏览器访问，软件更新只需要更新服务器就够了，用户层面不需要做任何操作。不需要安装客户端，可以节省手机终端的内存空间。
4.版本控制方面
原生App：用户可以自由地选择是否更新软件版本，所以会出现不同用户同时使用不同版本的情况。同时也会导致维护成本比较高。使用旧版本的用户无法体验新版本的完整功能。
Web App：所有的用户都是用同样的版本，所有用户获得的功能都是相同的。版本更新比较方便，直接在服务器侧更新数据即可。一个功能做好了就能上线，一天更新几十次都毫无压力。如果客户端只是个浏览器，那一切都会变得很简单。另外web统一性高，跨平台适用时开发量少。由于其入口不明显（浏览器导航或者随意点击链接进入），让用户记住的门槛也随之拔高，每次推广导入的流量都可能沦为一次性努力，用户留存率低。
5.加载速度方面
原生App：原生APP由“云服务器数据+APP应用客户端”两部分构成，APP应用所有的UI元素、数据内容、逻辑框架均安装在手机终端上。访问的时候，不需要重新下载加载应用页面框架，只需要加载数据即可。所以加载速度更快，页面响应更快。
Web App：而Web APP打开一个页面，都需重新加载页面的所有元素，访问速度受手机终端性能和网络环境的限制，导致加载速度慢，而且操作频繁容易卡死。
总结
原生App偏向于交互，注重用户体验（导航切换、勾选选项、图片、视频等操作），Web APP偏向与浏览和简单的交互。 一些功能需要访问硬件（摄像头、传感器等），使用原生App, Web APP用于信息展示。 成本有限时，核心的功能使用原生APP，周边辅助的功能可以使用Web App。
